A HYDROS emprega uma estrutura matricial para a otimização da alocação das equipes. Possui uma equipe residente de profissionais especializados e conta com um extenso portfólio de consultores no país e no exterior, que são alocados aos projetos à medida que sua competência for requerida num projeto em particular.
Sua estrutura organizacional apresenta três Diretorias, três Coordenações Setoriais e as Gerências de Contrato, com todo o conjunto reportando-se à Diretoria-Geral.
Diretoria de Engenharia
A Diretoria Técnica é responsável pela gestão dos contratos no nível estratégico, definindo as ações, determinando os conceitos e critérios tecnológicos mais adequados para cada caso, identificando as correções necessárias aos cronogramas físico-financeiros iniciais, a fim de atender com precisão as necessidades dos Clientes.
Diretoria Comercial
A Diretoria Comercial trata da formulação e recomendação de políticas e programas da área comercial, destinados a orientar a Empresa na escolha e análise de sua área de atuação. Objetiva, também, o desenvolvimento de novos negócios e mercados para a Empresa, e a definição de estratégias comerciais de curto, médio e longo prazo.
Diretoria Adm. e Financeira
A Diretoria Administrativa e Financeira tem como responsabilidade a formulação de políticas administrativas e financeiras da Empresa, de acordo com as diretrizes fixadas pela Coordenação da Qualidade, o apoio logístico a todos os projetos e atividades desenvolvidas, assim como a gestão dos sistemas de informação implementados.